faktor penghambat integrasi nasional yakni sebagai berikut
- kurangnya penghargaan terhadap kemajemukan yang bersifat heterogen.
misalnya menghina teman lain karena berbeda etnis hal tersebut tidaklah baik oleh karena itu penghargaan terhadap kemajemukan perlu ditingkatkan di setiap diri manusia Indonesia seperti dengan cara tidak mendiskriminasi suku, ras atau kelompok tertentu. - kurangnya toleransi antargolongan.
hal ini disebabkan oleh adanya paham etnosentrisme yang merupakan paham persepsi seorang individu yang menganggap kebudayaan atau sukunya lebih unggul dari yang lain. - kurangnya kesadaran masyarakat Indonesia terhadap ancaman dan gangguan dari luar.
masuknya budaya asing seperti pergaulan bebas dan obat terlarang yang tanpa disadari hal tersebut dapat menjadi ancaman dan merusak integrasi nasional. - luasnya wilayah Indonesia.
keadaan geografis Indonesia yang sangat luas dapat menyebabkan faktor penghambat integrasi nasional - adanya ketidakpuasan terhadap ketimpangan dan ketidakmerataan hasil-hasil pembangunan.
hal ini juga dikarenakan luas wilayah Indonesia yang besar. pembangunan yang terpusat di wilayah tertentu akhirnya menimbulkan kesenjangan dalam berbagai bidang. jika tidak diatasi hal ini mampu memunculkan kecemburuan sosial hingga membentuk gerakan-gerakan separatisme seperti organisme Papua merdeka .